Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le point de s'écrouler. Pour empêcher cela, Yusei doit voyager à travers les époques et retrouver les héros du passé et du présent soit : Yugi Muto et Jaden Yuki. Tous doivent s'unir afin d'empêcher la mort de Pegasus, le créateur du duel de monstres, et que le monde des duels sombre dans le chaos…

Ce film reprend la seconde version de l'histoire du visual novel de Fate/stay night. Il est important d'avoir vu la série avant afin de cerner tous les aspects de l'œuvre. On retrouve donc dans ce film la guerre du Graal à laquelle Shirô Emiya, un garçon idéaliste, se trouve embarquer en tant que magicien et maître de Saber contre son gré. Il s'alliera rapidement avec Rin Tôsaka et son servant, Archer. L'histoire se concentre ici sur la relation entre Shirô, Rin et Archer.

Si toute votre vie n'était qu'un mensonge ? Si l'homme que vous avez épousé quinze ans plus tôt n'est en fait pas celui que vous croyez ? Pour Eva Beaufils, il a suffi d'un regard sur une vieille photo pour que son univers bascule… Bastien, son mari, disparaît soudain. Eva n’a alors plus qu’un objectif : le retrouver à tout prix, même si cela met en péril leurs enfants et ravive les cicatrices de son propre passé. Car Eva le sait, ce n'est qu’au bout de ce voyage qu’elle trouvera réponse à sa question… L’amour est-il plus fort que le mensonge ?