Yûgi, un jeune garçon, est fasciné par un jeu de cartes en vogue dans le pays. Ce jeu renferme de mystérieuses énergies antiques qui peuvent changer le cours de l'Histoire. Une force maléfique, enfouie depuis des millénaires dans les sables d’Égypte, vient de se réveiller. Autrefois vaincu par le double de Yûgi - le Pharaon -, Anubis revient sur Terre avec la ferme intention de se venger. Il est prêt à anéantir Yûgi et à prendre possession de la planète…

Alors qu'une menace extra-terrestre est sur le point de toucher la terre, le Docteur Rao vient de découvrir un vaccin censé «guérir» les mutants. Les X-Men vont devoir s'unir pour affronter les dangers...