Kid l'insaisissable continue ses agissements et veut cette fois s'emparer d'un œuf de Pâques de grande valeur. Ennemi juré de Conan, celui-ci tentera de l'arrêter alors qu'un autre danger le guette : un meurtrier du nom de Scorpion. D'autres prendront part à l'aventure, à savoir : Ran, Agasa, Mouri et les Détective Boys.

Lupin assiste à une vente aux enchères à New York déguisé, où il enchérit sur une bague ancienne. L'anneau contient l'emplacement secret d'une broche légendaire, dont on dit qu'elle apporte la bonne fortune à quiconque la porte. Lorsqu'un enchérisseur le surenchérit d'un dollar, il décide de suivre la voie la plus traditionnelle et de voler la bague, mais c'est une femme nommée Cynthia qui la lui dérobe. Cynthia est à la tête de l'une des plus grandes nouvelles banques, la "Banque du monde", et a des projets bien à elle après avoir obtenu la broche...

En 2131, les bioroïds - clones créées pour réfréner les passions humaines - vivent en harmonie avec leurs créateurs dans la belle cité d'Olympus. A l'aube d'une nouvelle menace, le commandant Deunan est mandaté pour empêcher un génocide bioroïd. Mais cette guerrière d'élite se révèle être la pièce maîtresse d'un puzzle dont elle ignore encore les règles et les conséquences : la survie des deux espèces.

Shinichi Kudo, 17 ans, est un maître détective respecté malgré son jeune âge. Mais c'est précisément ce qui lui fera du mal quand il est empoisonné par deux hommes en noir et devient ainsi un enfant. Depuis lors, il enquête en tant que Conan Edogawa pour continuer à résoudre des affaires pénales et à condamner les hommes en noir.

Au 20e siècle, une guerre totale éclata entre les humains et les monstres. Depuis ce temps, les monstres gouvernent le monde dans l'ombre. Un garçon nommé Bocca se penche sur le passé et se demande ce qu'il est advenu des guerriers Meros qui ont défendus le monde si courageusement contre les démons est qui sont oubliés de tous un siècle plus tard...

Kino no Tabi raconte l'histoire du voyage d'une jeune fille s'appelant Kino et de sa moto parlante se nommant Hermes. Durant ce voyage, les deux héros découvriront que le monde qui les entoure n'est pas si bien qu'il n'y parait, mais que paradoxalement ces défauts le rendent beau...

À la suite d'une promesse faite à Mark Williams, un vieil ami cambrioleur décédé, Edgar / Lupin III doit restituer tous les objets volés par Mark dans le temps. Si il réussit, Edgar pourra connaitre l'emplacement du fameux « Diamant Trique » que convoite également Magali / Fujiko ainsi que des représentants de la mafia russe.

Le Japon se prépare à accueillir les Jeux Sportifs Mondiaux (JSM) à Tokyo. Le tout nouveau train à très grande vitesse Hyper Linear « Japanese Bullet » est le premier au monde à opérer dans un tunnel sous vide. Ce bijou de la technologie japonaise, capable d’atteindre 1000KM/h, sera inauguré à l’ouverture des JSM. Lors d’une fête organisée pour les sponsors des jeux, d’étranges incidents ont lieu, puis des personnalités sont kidnappées. Conan enquête et trouve un lien potentiel avec les kidnappings qui ont eu lieu aux JSM de Boston 15 ans auparavant.