Accused of terrorism and feeling the heat, Saki's high-tech crew is in the crosshairs. Meanwhile, the shroud of mystery covering Takizawa is lifted as he and his fellow Selecao make their final moves. Every game must come to an end. For those playing Mr. Outside's twisted game of conspiracy thrills, the end comes now.

Pendant ses études à l'académie Tensei, Hiiro Ryûgasaki acquiert un mystérieux smartphone sur lequel est installé le très populaire jeu de cartes Shadowverse ! Rencontrer de nouveaux adversaires, participer à des tournois majeurs, tisser des liens avec des amis, Shadowverse entraîne Hiiro vers toutes sortes de nouvelles expériences qui lui permettent ”d'évoluer"...

En 2010, dix missiles se sont abattus à travers tout le Japon sans faire la moindre victime. Trois mois après cette attaque, Misaki Mori une jeune étudiante en voyage scolaire aux Etats Unis pour la remise des diplôme se retrouve mêlée à une terrible affaire, elle est alors sauvée par un japonais amnésique du nom d'Akira Takizawa qui n'a sur lui qu'un téléphone et un fusil. De retour au Japon, un étrange message est envoyé sur le téléphone mobile de Takizawa tandis que le onzième missile est lancé contre Tokyo : 8,2 milliards de yens viennent de lui être versés...

Perdue dans une forêt à côté de la maison de son grand-père où elle se rend chaque été, la petite Hotaru fait la rencontre d'un garçon mystèrieux qui l'aide à retrouver son chemin. Elle commence à lui rendre visite tous les étés et l'esprit attend ces moments partagés avec Hotaru, au risque de disparaître ...

Après avoir empêché que plusieurs missiles s'abattent sur le Japon, Akira Takizawa s'est volatilisé en laissant peu d'indices à Saki. Mais de leurs côté, les autres Seleçao continuent leur bataille pour changer le Japon à leur façon et selon leurs idéaux. Akira va donc être obligé de revenir dans le jeu, car même s'il a de nouveau effacé sa mémoire, les autres Seleçao ne sont pas prêt de l'oublier.