Délaissé par des parents trop occupés par leur travail, Makoto Niwa, vit chez sa tante, au cœur d'une ville que la rumeur dit surveillée par les extraterrestres. Il y rencontre Erio Towa, une cousine quelque peu bizarre puisqu'elle se dit elle-même extraterrestre, qu'elle aime s'envelopper dans un futon et qu'elle se nourrit essentiellement de pizza...

Délaissé par des parents trop occupés par leur travail, Makoto Niwa, vit chez sa tante, au cœur d'une ville que la rumeur dit surveillée par les extraterrestres. Il y rencontre Erio Towa, une cousine quelque peu bizarre puisqu'elle se dit elle-même extraterrestre, qu'elle aime s'envelopper dans un futon et qu'elle se nourrit essentiellement de pizza...

Homura Akemi est la seule personne à se souvenir encore de Madoka après le sacrifice de cette dernière. Elle a échoué dans la mission qu'elle s'était imposée mais n'a pas abandonné l'espoir de revoir son amie. Pour survivre, elle continue donc le combat.

Homura Akemi sauve de justesse Madoka Kaname, Kyôko Sakura et Sayaka Miki des mains d'une puissante sorcière. Les jeunes filles découvrent alors que Sayaka est désormais une sorcière, et qu'il est impossible de la sauver. Kyôko décide d'aller la combattre pour tenter de la faire revenir à la raison. De son côté, Homura prépare son plan qui consiste à combattre la nuit des Walpurgis, une très puissante sorcière et à protéger coûte que coûte Madoka de son destin

Madoka Kaname, une collégienne ordinaire, ainsi que sa meilleure amie Sayaka Miki, se voient offrir la chance de pouvoir réaliser tous les voeux qu'elles souhaitent par le mystérieux Kyubey, ainsi que de devenir Magical Girls et d'affronter les sorcières. Toutefois, leur camarade Magical Girl Homura Akemi semble déterminée à empêcher Madoka de devenir une Magical Girl à tout prix. Puella Magi Madoka Magica le Film Partie 1: Au Commencement est une redite de la première moitié de la série animée.

Un court métrage conceptuel de quatre minutes dévoilé en surprise lors du 40e anniversaire du Studio SHAFT en hiver 2015, Madogatari. La première œuvre animée de Puella Magi Madoka Magica depuis Puella Magi Madoka Magica Film 3 - Rebellion, avec les distribution et personnel complets de Madoka Magica.