Ryo Saeba est un détective privé et un nettoyeur qui débarrasse la société du mal sous le pseudonyme de City Hunter. Il travaillait avec sa partenaire Kaori Makimura, mais celle-ci décède dans un accident. Son cœur est volé et transplanté à Xiang-Ying, une tueuse qui a voulu se suicider. Mais le cœur de Kaori veut revoir Ryo et entraine Xiang-Ying à la recherche de Ryo Saeba.

Une troupe de militaires réalise des manœuvres et se retrouve entraînée vers un glissement dans le temps suite à une déformation de l'espace temps... Cette armée équipée de jeeps, d'un char, d'un hélicoptère et d'un patrouilleur, atterrit 400 ans en arrière, dans le Japon féodal du XVIe siècle...

Un criminel a posé une bombe dans le train Shinkansen 109. La bombe explosera si le train descend en dessous de 80 km/h, à moins que la rançon demandée ne soit payée.