L'agente fédérale Kate Parker débarque dans une petite ville rurale afin d'extrader Claire Scott, une jeune femme soupçonnée d'avoir assassiné un scientifique du gouvernement. Mais le transfert de la prisonnière est entravé par le mystérieux John Lawson, un agent soviétique qui trafique des informations confidentielles sur le marché noir. Il veut s'approprier d'une formule biologique meurtrière que Claire possède sur elle à son insu. Proclamant son innocence, Claire, secondée par Kate, tente d'échapper à Lawson et à ses deux tueurs d'élite, M. et Mme Jones. Harry Eden, espion à la CIA et ex-amoureux de Kate, est dépêché sur les lieux pour porter secours à Kate qui est en danger de mort.

Eric Weiss raconte son passé à une femme. Il raconte en effet que lorsqu'il était enfant il a été protégé par un certain André Toulon, car il était pourchassé par les nazis et que cet André Toulon lui a donné son secret, qui consiste à donner vie à des objets inanimés. Mais la femme à qui Eric raconte son passé veut en réalité le tuer. Mais les Puppet Master ne vont pas laisser l'élève de leur maitre se faire tuer, ils sont bien décidés à le défendre coûte que coûte, même jusqu'au péril de leur vie...

Paris, juste avant la Première Guerre mondiale. André Toulon, qui dirige un atelier de poupées et de marionnettes, est fou amoureux d'une femme, qui est en danger pour avoir été témoin d'un meurtre. Un jour, un sorcier égyptien sur son lit de mort apprend une formule à Toulon, qui permet de donner vie aux objets inanimés. Toulon va se servir de cette formule pour donner vie à ses propres poupées, qu'il a nommées les Puppet Masters. Il va s'en servir pour sauver la femme qu'il aime.

Depuis une douzaine d'années, la communauté extraterrestre Tencton s'est parfaitement intégrée à la société humaine. Au point que l'Alien George Francisco et le Terrien Matt Sikes forment le plus soudé des duos de flics. Ensemble, ils découvrent l'existence dans les profondeurs de Los Angeles d'un complot à grande échelle. Certains extraterrestres d'une caste élevée travaillent à la création d'une espèce dérivée de leur race. Une espèce de prédateurs nés d'une "mère" monstrueuse qui espère, sous peu, voir ses "bébés" proliférer à la surface de la Terre et dominer le Monde...