Rescucité par l'armée américaine et ayant accompli sa dernière mission avec brio, l'universal soldier Luc Deveraux travaille aujourd'hui en tant qu'expert sur un projet du gouvernement visant à améliorer le programme d'entraînement des universal soldiers. Lorsque Seth, le superordinateur qui contrôle les soldiers, devient fou et n'obéit plus aux ordres.

Lors d'une mission sur Mars, l'astronaute Patrick Ross est infecté par de l'ADN alien. De retour sur Terre, il commence à se transformer en une entité alien effrayante avec une seule idée en tête, s'accoupler avec des femmes terrestres et coloniser le monde avec sa progéniture semi-alien. La scientifique Laura Baker et l'ex-agent spécial Press Lennox se lancent dans une course contre la montre pour arrêter Patrick. Ils utilisent Eve, la belle clone semi-alien, pour séduire Patrick. Mais l'instinct d'Eve est trop fort et elle s'échappe pour s'accoupler avec Patrick et créer une race d'Aliens qui entraînerait la disparition de l'humanité...