Thad ayant eu son diplôme et ayant été recruté à la NFL, c'est maintenant à Alex, le quarterback, de diriger son équipe mais aussi de se battre pour empêcher que le doyen vindicatif ne ferme définitivement sa maison.

Missionné par un programme international d'observation de la vie sous-marine, un submersible a été attaqué par une créature gigantesque qu'on croyait disparue. Sérieusement endommagé, il gît désormais dans une fosse, au plus profond de l'océan Pacifique, où son équipage est pris au piège. Il n'y a plus de temps à perdre : Jonas Taylor, sauveteur-plongeur expert des fonds marins, est engagé par un océanographe chinois particulièrement visionnaire, contre l'avis de sa fille Suyin.

Si Dan Harrelson revient dans l'unité d'élité S.W.A.T., c'est pour former une nouvelle équipe dont il aura la charge. Contre l'avis de sa hiérarchie, ce vétéran regroupe de jeunes agents déjà intégrés, mais également quelques éléments au caractère bien trempé. Chris Sanchez, l'unique femme, Deacon Kaye et surtout Jim Street intègrent ainsi le programme d'entraînement intense. Jim n'attendait que ça. Lui qui avait été mis à pied quelque temps plus tôt pour une bavure de son coéquipier d'alors, Brian Gamble, trouve enfin l'occasion de saisir sa chance. Au même moment, Alex Montel, un redoutable trafiquant de drogue tout juste capturé, promet cent millions de dollars à celui qui le libérera par n'importe quel moyen. Cette énorme somme déclenche une surenchère de tentatives auxquelles les autorités ne peuvent plus faire face. L'équipe Harrelson est appelée en renfort...

Une exploration sous-marine dans les profondeurs de l'océan tourne au chaos lorsqu'une exploitation minière malveillante menace la mission et force l'équipe de recherche à se lancer dans une périlleuse bataille pour la survie.

Leprechaun s'en prend cette fois-ci à une bande de jeunes lycéens qui vient de découvrir son magot.