Lara Croft a hérité de son père archéologue de nombreux trésors parmi lesquels une mystérieuse horloge magique. Des années plus tôt, celui-ci lui dévoila l'existence d'une organisation secrète, les Illuminati, qui s'était lancée à la recherche d'une horloge dont la clé ouvrait les portes du Temps et de l'Espace. Celle-ci est un triangle sacré qui assura, 5 000 ans auparavant, la victoire des premiers Illuminati sur leurs ennemis. Si le triangle venait à être recomposé, ces lointains ancêtres reviendraient à la vie et le sort de l'Humanité en serait bouleversé à jamais. Le puissance de ce triangle atteindra son summum lorsque trois planètes s'aligneront dans le ciel en une éclipse totale qui survient une fois tous les 5 000 ans. L'aventurière ne dispose que de 48 heures pour résoudre l'énigme du triangle magique et ainsi sauver le monde.

Aux abords du Kilimandjaro, le « Berceau de la Vie » abrite le plus mystérieux et le plus terrifiant des fléaux : la Boîte de Pandore, dont les germes pourraient en quelques heures anéantir l'Humanité. Au moment où Lara Croft, l'archéologue de charme, s'apprête à prendre possession de l'orbe contenant les coordonnées de ce trésor, un commando chinois fait irruption dans le temple sous-marin et s'en empare. Sauvée de la mort par ses fidèles assistants Bryce et Hillary, l'aventurière regagne son manoir, où elle reçoit bientôt la visite de deux émissaires du MI 6. Elle apprend ainsi que le commanditaire des tueurs et de leur chef Chen Lo n'est autre que le Dr Jonathan Reiss, un mégalomane cynique, soupçonné de fournir des armes biologiques high-tech aux plus offrants…

La mission de l'agent spécial Neville Flynn est simple : il doit escorter un témoin essentiel sur un avion de lignede Hawaï à Los Angeles. L'homme va permettre de faire tomber l'un des piliers de la mafia, après qui Flynn court depuis longtemps. Toutes les précautions ont été prises, mais ce n'est pas assez...Décidé à ce que le témoin n'arrive jamais au tribunal, le criminel met au point un lâcher de serpents venimeux à bord de l'avion. Ils sont partout, silencieux et mortels. Entre un équipage et des passagers paniqués et un témoin qu'il faut protéger à tout prix, Flynn va devoir se battre pour que l'avion ait une chance d'arriver…

Tout se passe à l'âge de la pierre dans une ville appelée Saint-Granit (Bedrock), mais où la société est exactement la même que celle des États-Unis dans la deuxième moitié du XXe siècle. C’est une version fantaisiste de la préhistoire où des dinosaures, des ptérodactyles, des tigres à dents de sabre, des mammouths laineux et d'autres animaux disparus depuis longtemps coexistent avec des hommes des cavernes, qui emploient une technologie équivalente à celle du XXe siècle en se servant surtout de divers animaux comme outils.