Dans un futur proche où les humains ont été vaincus par des parasites viraux nommés Gastrea, les derniers survivants se sont exilés sur un petit territoire où ils vivent dans le désespoir le plus complet et la terreur. Dans ce monde prisonnier des ténèbres, Rentaro, un garçon vivant à proximité de Tokyo est membre de la « sécurité civile » une organisation spécialisée dans le combat contre les Gastrea, est habitué à accomplir des tâches dangereuses. Sa partenaire est Enju, une jeune fille précoce. Ils combattent grâce à leurs pouvoirs bien particuliers jusqu'à ce qu'un jour, ils reçoivent une mission spéciale du gouvernement. Cette mission top secrète est de prévenir la destruction de Tokyo…

Shûhei Amamiya est un jeune garçon destiné à un brillant avenir de pianiste professionnel. Au début de l'été, sa famille emménage dans une ville de province. Ses nouveaux camarades de classe lui racontent alors une bien étrange histoire : un piano magique serait caché au fond d'une forêt ; il semble cassé depuis des années, mais plusieurs personnes affirment avoir entendu une mélodie envoûtante s'élever des profondeurs de la forêt.Seul Kai, un jeune garçon intrépide, affirme que la musique du piano est réelle et pour le prouver, il demande à Shûhei de le suivre dans la forêt. Malgré l'entêtement de Shûhei, le piano n'émet aucun son. En revanche, la magie opère lorsque Kai se met à jouer. Shûhei comprend alors que son ami est un génie capable d'interpréter une musique quasi divine sans avoir jamais pris une seule leçon de piano.Alors que tout les oppose, les deux garçons deviennent vite inséparables, jusqu'au jour où ils deviennent rivaux lors d'un concours national de piano.

Après la mort de sa mère, Tenzin, dix ans, quitte la ville pour aller vivre dans la prairie tibétaine avec son père. Ce changement de vie radical est difficile pour lui : s’habituer à la vie de nomade et se familiariser avec ce père inconnu… Un jour, Tenzin est témoin d’un combat entre des chiens de garde tibétains et un chien aux poils dorés étranger à la meute. Celui-ci deviendra son plus fidèle ami…

Long-métrage faisant suite à la série Made In Abyss… « Abyss », un lieu intriguant et nimbé de mystère. Un trou béant, seul lieu inexploré du monde. Un endroit fascinant et dangereux. Rico, jeune orpheline, a grandi dans une petite ville située au bord du gouffre tout en rêvant de devenir Cave Raiders, comme sa mère. Un jour, alors qu'elle se décide à entrer dans l'Abyss, elle rencontre un étrange robot qui ressemble à s'y méprendre à un être humain.

Après avoir quitté le camp d'Ōzen, Riko et Reg poursuivent leur voyage, faisant face à davantage de dangers alors qu'ils descendent plus loin dans les Abysses.

Ce film est une compilation reprenant le début du voyage de Riko et Reg à travers l'Abyss.