Dans le Mississipi, en juin 1970, de retour du Viêt-nam, Stephen Simmons retrouve sa femme Lois et ses enfants Stu et Lidia. Hanté par de douloureux souvenirs de guerre, il est à la recherche d'un emploi régulier et c'est Lois qui subvient aux besoins de la famille, logée à l'étroit dans une bicoque délabrée.Malgré ces difficultés, les enfants gardent une part d'insouciance et décident de construire une cabane dans un grand arbre.

La carrière de chanteuse de Ranka est au beau fixe alors que Sheryl voit la sienne dégringoler en même temps que sa santé. Dans l'ombre, les différents camps continuent d'œuvrer afin d'obtenir le contrôle de la horde des Vajras en utilisant le pouvoir du chant des deux chanteuses. Alors que la bataille entre la flotte Macross Frontier et les Vajras reprend, Alto prend enfin sa décision

Dans un futur proche, en 2009 (la série date de 1999), le jeune Yuji Kaido apprend qu\'il est atteint d\'une maladie génétique grave et incurable. Son seul espoir est la cryogénie en attendant l\'avancée des compétences médicales. Lorsqu\'il se réveille 22 ans plus tard, en 2031, il découvre que la Terre a été envahie en 2017 par des monstres insectoïdes géants, les \"Blue\", et que les gens qui comme lui ont été cryonisés, les « Sleepers », sont peut-être le seul espoir de survie de la race humaine.