L'histoire se déroule en 2314, soit deux ans après la défaite des A-Laws et des Innovades menés par Ribbons Almark lors de la saison 2 de Gundam 00. Les Celestial Beings continuent de veiller sur la paix fragile qui s'est installé. Sur Terre, Saji Crossroad continue de veiller au chevet de Louise Halevy qui est toujours hospitalisée suite au traumatisme vécu lors de la dernière guerre, alors que dans l'espace, la princesse Marina Ismail et Shirin Bakthiar du Royaume d'Azadiztan supervisent la construction d'une nouvelle colonie spatiale. Un vaisseau d’exploration abandonné il y a 130 ans à côté de Jupiter a quitté son orbite et retourne vers la Terre. Le vaisseau est détruit mais des débris retombent sur Terre et d'étranges phénomènes commencent alors à se produire. Afin de mettre un terme à la guerre qui se prépare, Setsuna F. Seiei devra découvrir le véritable but de son évolution en tant qu’Innovator et ce à quoi Aeolia Schenberg comptait préparer l’humanité.

An 2307, les énergies fossiles ont été épuisées et l'humanité s'est tournée vers l'énergie solaire grâce à trois ascenseurs orbitaux de 50 000 km permettant de transmettre l'énergie solaire à trois grands blocs nationaux : l'AEU, la LRH et l'Union. Malheureusement, l'énergie produite par ces ascenseurs ne profite pas à toutes les nations, ce qui attise des conflits et en fait perdurer d'autres. Une organisation répondant au nom de « Celestial Being » émerge et annonce qu'elle utilisera désormais ses Mobile Suits Gundam pour éradiquer tous les conflits.

An 2307, les énergies fossiles ont été épuisées et l'humanité s'est tournée vers l'énergie solaire grâce à trois ascenseurs orbitaux de 50 000 km permettant de transmettre l'énergie solaire à trois grands blocs nationaux : l'AEU, la LRH et l'Union. Malheureusement, l'énergie produite par ces ascenseurs ne profite pas à toutes les nations, ce qui attise des conflits et en fait perdurer d'autres. Une organisation répondant au nom de « Celestial Being » émerge et annonce qu'elle utilisera désormais ses Mobile Suits Gundam pour éradiquer tous les conflits.

Dans un futur lointain où la Terre a été ravagée, la race humaine vit dans un monde cybernétique où seule leur conscience existe. Accompagnée de sa combinaison mécanique lui offrant une force accrue, Angela est une enquêtrice vivant dans le monde cybernétique qui va aller sur Terre et découvrir la seule règle qui régit sur cette planète, la survie !

Munich, Allemagne, 1923. Deux ans se sont écoulés depuis qu'Edward Elric s'est fait aspiré de son monde au nôtre en laissant derrière lui son pays, ses amis et son jeune frère Alphonse...

Celui que l'on appellera plus tard Yuki Shinjûro a débuté sa vie de manière assez misérable. Orphelin de naissance, il part du Japon une fois sa scolarité terminée pour devenir projectionniste itinérant dans des pays en guerre. Mais son projet échoue et il se retrouve à vagabonder ici et là. Il rencontre alors les membres d'une ONG qui le recueillent ; mais il est aussitôt tué dans une embuscade militaire. C'est à ce moment-là qu'il est possédé par Inga, un démon mangeur d'âmes qui a la capacité de révéler les plus noires vérités contenues dans le cœur humain...

Ce film résume la seconde moitié de la seconde saison de la série Mobile Suit Gundam 00, en y rajoutant des scènes inédites.

Ce film résume la première moitié de la seconde saison de la série Mobile Suit Gundam 00, en y rajoutant des scènes inédites.

Nous sommes en l'an A.D. 2307. Le monde a épuisé toutes les ressources combustibles de la planète et l'ère solaire a débuté. Dans cette course à l'énergie, trois grandes puissances ont réussi à s'imposer en créant des ascenseurs orbitaux (AEU, USEFN, HRL). Cependant, le partage de cette nouvelle ressource crée des conflits entre ces trois grands qui se disputent le marché, mais aussi avec les autres pays qui ne bénéficient pas de l'exploitation de cette dernière. Religion, économie et politique sont les principales raisons des incessantes guerres civiles qui se déroulent un peu partout à la surface du globe. Alors que l'AEU présente au monde sa nouvelle armure mobile fonctionnant uniquement à l'énergie solaire, une Mobile Suit inconnue débarque et détruit cette dernière sans difficulté. Un peu plus tard, deux autres armures mobiles similaires font échouer un attentat visant un ascenseur orbital…

Année 2015, Japon. Grâce à une reprise de l'économie et de la consommation, les rescapés du dernier cataclysme tentent de survivre dans la nouvelle ville forteresse de Tokyo-3. Mais ce monde en pleine renaissance subit régulièrement les assauts inexpliqués de monstres gigantesques appelés Anges. Pour contrer leurs effets destructeurs, le gouvernement fait appel à une organisation secrète, la NERV, et à ses êtres à la fois organiques et cybernétiques contrôlés par des enfants : les Evangelions.

Ce film est découpé en 2 parties : La première, Death, résume les épisodes 1 à 24 de la série Evangelion. La seconde, Rebirth, constitue les 15 premières minutes de l'épisode 25' (l'épisode 25 TV remanié, amélioré, complété avec une histoire inédite jusqu'alors). La partie Death est un remontage, assez aléatoire, de la série TV. Ce remontage intègre plusieurs scènes inédites, qui ont été intégrées à la série TV dans sa version vidéo (sortie 2 ans après la première diffusion TV). La partie Rebirth n'est pas complète, car la Gainax n'a pas eu le temps de terminer leur projet (épisodes 25' et 26'). Il a alors été décidé de diffuser un premier film en mars, dans lequel serait montré un avant-goût du produit final (la partie Rebirth) et un autre film en été, qui serait cette fois la version complète.

L'histoire nous entraîne dans le quotidien de deux femmes nommées respectivement Escha et Chron qui vivent dans un endroit appelé « Terminal », un monde post-apocalyptique futuriste vide et monochrome. Ces deux personnes traversent les mondes pour se retrouver dans le présent, ici baptisé « Transit ». Elles doivent redonner la lumière (le paysage) et le son (la musique) de ce monde pour que le Terminal retrouve son éclat d'antan.

Après un séjour à l'étranger, Rinku Aimoto revient au Japon où elle intègre la Yoba Academy, qui permet aux DJ en herbe de s'épanouir dans leur activité. Profondément émue par un concert de DJ auquel elle assiste là-bas, elle décide de former son propre groupe constitué de Maho Akashi, Muni Ohnaruto et Rei Togetsu. Fortes de leurs échanges avec les autres groupes de DJ tels que les Peaky P-key et les Photo Maiden, Rinku et ses amies se voient déjà en haut de l'affiche !