Le film décrit la très forte camaraderie des marins du cuirassé Yamato, le plus grand navire de guerre jamais construit durant la Seconde Guerre mondiale, qui connut un destin tragique en 1945 lorsqu'il sombra. Après un long entrainement puis ses réparations après la défaite de la bataille du golfe de Leyte, en avril 1945 l'opération Ten-Go est lancée, et le cuirassé Yamato - dernière fierté de la marine impériale japonaise - est envoyé en ultime mission de protection d'Okinawa, attaquée par les forces d'invasion des États-Unis. Les 3 333 hommes d'équipage savent qu'il n'y aura pas assez de carburant pour le retour, conscients que la mère patrie - l'empire Japonais - est à bout de souffle…

Golgo 13, également connu sous le pseudonyme de Duke Togo, est un assassin professionnel. Son âge et son lieu de naissance sont inconnus et il n'y a pas de consensus au sein de la communauté mondiale du renseignement quant à sa véritable identité. La plupart de ses missions sont accomplies à l'aide d'un fusil M16 customisé et à lunette. Golgo 13 est chargé de tuer Boss Goa, le chef d'un syndicat du crime mondial responsable du trafic de drogues, d'armes et d'êtres humains.

Un criminel a posé une bombe dans le train Shinkansen 109. La bombe explosera si le train descend en dessous de 80 km/h, à moins que la rançon demandée ne soit payée.