Quatre ans après la mort de Shogo Makishima et la disparition de Shinya Kogami, le gouvernement japonais commence à exporter la technologie du "Système Sibylle" vers d'autres pays, la déployant dans le monde entier. Un état au milieu d'une guerre civile, SEAUn (the South East Asia Union, prononcé "Shian»), apporte le système Sibylle comme une expérience, et la ville côtière de Shambala Float atteint une paix et une sécurité temporaire. C’est alors que des terroristes de SEAUn apparaissent au Japon, se glissant à travers le système Sibylle et l'attaquant de l'intérieur, menant Akane Tsunemori et son équipe à Shambala Float (basé au Cambodge) pour enquêter.

C'est histoire de quatre hommes qui travaillent dans une pâtisserie. Tachibana Keiichiro est le propriétaire, Ono Yusuke est le superbe pâtissier qui a un mystérieux et envoûtant charme, Kobayakawa Chikage est le serveur et garde du corps de Tachibana, et le dernier mais non le moindre est Kanda Eiji, l'ex-boxeur qui aime tant les gâteaux qu'il devient apprenti pâtissier à Antique.