Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.

Yûgi est un jeune lycéen timide, secret et foncièrement gentil. Trop gentil diront certains, mais certainement pas Joey, Tristan et Téa, ses meilleurs amis. Avec eux, il partage la passion d’un jeu de cartes, le « Duel de Monstres », créé par le mystérieux Pegasus. Une passion qui va les entraîner dans une étrange et fascinante aventure, une quête grâce à laquelle ils découvriront la force de l’union et la puissance de la stratégie. 

Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Rinding Duels (Turbo Duels) » révolutionnant les duels dans 5D's. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés D-wheel (Duel Runners). Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite.

Yûgi, un jeune garçon, est fasciné par un jeu de cartes en vogue dans le pays. Ce jeu renferme de mystérieuses énergies antiques qui peuvent changer le cours de l'Histoire. Une force maléfique, enfouie depuis des millénaires dans les sables d’Égypte, vient de se réveiller. Autrefois vaincu par le double de Yûgi - le Pharaon -, Anubis revient sur Terre avec la ferme intention de se venger. Il est prêt à anéantir Yûgi et à prendre possession de la planète…

Yûma Tsukumo est considéré comme le « bad-boy » numéro un de son lycée et rêve de devenir un champion du duel de monstres. Un jour, Ryouga Kamishiro, un duelliste qui avait vaincu un autre élève, lance un défi à Yûma suite à ses provocations. Durant le duel, une lumière étrange apparaît, une entité connue sous le nom d'Astral… Une nouvelle aventure commence…

Yûma Tsukumo est considéré comme le « bad-boy » numéro un de son lycée et rêve de devenir un champion du duel de monstres. Un jour, Ryouga Kamishiro, un duelliste qui avait vaincu un autre élève, lance un défi à Yûma suite à ses provocations. Durant le duel, une lumière étrange apparaît, une entité connue sous le nom d'Astral… Une nouvelle aventure commence…

C'est le printemps à l'Académie de magie Kimberly et de nouveaux élèves débutent leur première année. Parmi eux, Oliver, garçon habile et studieux, et Nanao, jeune fille samouraï au caractère bien trempé, ne tardent pas à former un tandem unique dans les couloirs de Kimberly. Cependant, derrière la carte postale que renvoie cette école se cachent de nombreux secrets et dangers. Ces apprentis sorciers parviendront-ils à obtenir leur diplôme et à rester en vie ?

Simon et Kamina vivaient dans un petit village souterrain, lorsque l'apparition soudaine d'un robot gigantesque, appelé un « Ganmen », et celle de Yoko, une ravissante jeune fille armée d'un puissant fusil à supraconduction, brisa leur routine quotidienne. Ils attaquèrent et détruisirent le robot ennemi. Leur élan les propulsa vers la surface d'un univers inconnu rempli de dangers et d'aventures. Dans ce monde nouveau, nos héros devront s'élever contre la tyrannie que Lord Genome, surnommé le Roi Spirale, impose sur la race humaine. Leur lutte traversera les époques et sera pleine de sacrifices. C'est l'histoire d'un homme qui ignorait encore le tournant qu'allait prendre sa propre destinée !

Les Ganmen sont des méchas contrôlés par des humanoïdes qui tentent d’exterminer la race humaine. Ne pouvant rivaliser, certains humains ont créé, il y a des centaines d’années, des villages souterrains n’ayant aucun contact avec la surface. Simon vit dans un de ces villages sans cesse menacés par des séismes et dont la population a oublié avec le temps l’existence des Ganmen. Chaque jour, Simon doit creuser pour que le territoire du village s’étende. Lors de son travail, il découvre ce qui semble être un petit robot. Alors qu’il s’apprête à l’annoncer à son ami Kamina, un Ganmen venant de la surface débarque dans le village. Une jeune fille du nom de Yoko fait son apparition au même moment et tente d’abattre le monstre. Afin de protéger les siens, Simon utilise avec Yoko et Kamina le mécha qu’il a trouvé pour détruire le monstre et remonter à la surface. C’est à partir de ce moment-là que ce trio assez loufoque deviendra l’ultime rempart de la race humaine et lancera la contre-attaque contre les Ganmen...

De plus en plus souvent, la petite Sharon rêve d'une ville abandonnée, Silent Hill. Sa mère, Rose, décidée à comprendre l'étrange mal dont souffre son enfant, décide de l'accompagner sur place. Alors qu'elles pénètrent dans cet univers lugubre, Sharon disparaît. Rose se lance à sa poursuite, mais se rend vite compte que ce lieu étrange ne ressemble à rien de normal. Noyée dans le brouillard, peuplée d'étranges créatures, hantée par des ténèbres vivantes qui dévorent littéralement tout ce qu'elles touchent, cette dimension va peu à peu livrer ses terrifiants secrets... Avec l'aide de Cybil, de la police locale, Rose se jette dans une quête éperdue pour arracher sa fille au monde de Silent Hill. D'indices en épreuves, elle va découvrir tout ce que Sharon risque et ce qu'elle représente dans une malédiction qui dépasse tout...

Kira (Light) et L se sont rencontrés, et Light intègre l'équipe chargée d'enquêter sur l'affaire Kira. Un deuxième Kira apparaît, en la personne de Misa Amane, qui veut plus que tout rencontrer Kira (Light)...

Depuis des années, Heather Mason et son père n’ont jamais cessé de fuir, échappant à chaque fois de justesse aux mystérieuses forces qui les pourchassent. Arrivée à la veille de ses 18 ans, en proie à de terrifiants cauchemars, Heather doit faire face à la disparition soudaine de son père. Elle va découvrir qu’elle n’est pas celle qu’elle croyait être. Cette révélation va la plonger au plus profond de l’univers démoniaque qui semble vouloir la piéger à Silent Hill pour toujours…