Cet anime est une adaptation de la pièce de théâtre éponyme, elle-même inspirée du jeu de Nitroplus.

Dans un futur lointain, l'Alliance Galactique Humaine continue de lutter pour sa survie contre une espèce extraterrestre appelés « Hidiaazu ». Au cours d'une bataille intense, le jeune Redo est englouti avec son armure mobile Chamber dans une distorsion temporelle. Réveiller de son hibernation artificiellement provoquée, celui-ci se rend compte qu'il est arrivé sur la Terre, berceau de l'humanité censé ne plus être habitable depuis des milliers d'années. Pourtant, sur cette planète qui a été complètement submergé par les eaux, des gens vivent dans des flottes géantes en récupérant des reliques provenant des profondeurs des mers afin de survivre. Remorqué sur une des flottes appelée Gargantia, il fait la connaissance d' Amy, une jeune fille de 15 ans qui sert de messager tout en lui apprenant les coutumes de sa région.

Usui Yuen, maître assassin, mène l'enquête sur plusieurs assassinats commis à l'encontre du grand clan samouraï des Satsuma. Il fait la rencontre de Kurima Raizo, membre du clan qui a survécu à une des attaques. Ils vont ensemble découvrir que le vol n'était pas le seul motif de ces meurtres. Mais une fois proches de la vérité, réussiront-ils à rester en vie pour assouvir leur vengeance ?

L'histoire suit Kazuki Kurusu, un entrepreneur/coordinateur criminel qui vit avec son meilleur ami, Rei Suwa, un assassin professionnel qui a été élevé dès l'enfance pour devenir un tueur à gages. Kazuki est extraverti et aime le jeu et les femmes, tandis que Rei est un homme peu loquace qui passe son temps libre à jouer aux jeux vidéo. Un jour, les deux compères se retrouvent à s'occuper de Miri Unasaka, une petite fille de quatre ans dont le père est un chef de la mafia, après que Miri se soit accidentellement égarée dans une fusillade dans un hôtel alors qu'elle cherchait son père.

Fate/Zero se déroule dix ans avant les évènements de Fate/stay Night qui raconte en détails ce qui s'est passé lors de la quatrième guerre du Saint Graal dans la ville de Fuyuki. À la suite de trois guerres sans vainqueurs, la quatrième guerre débute enfin… Cette guerre se fait affronter par les familles Einzbern, Matō, et Tōsaka depuis des siècles. Bien que Kiritsugu qui est au côté de Saber, ait longtemps désiré être un héros aux yeux de tous, il a définitivement abandonné le Saint Graal lorsqu'il a réalisé que ceci entraînait forcément la mort d'une autre vie. Pour le bien de l'humanité, il sera prêt à détruire quiconque se mettra en travers de la paix.

Fate/Zero se déroule dix ans avant les évènements de Fate/stay Night qui raconte en détails ce qui s'est passé lors de la quatrième guerre du Saint Graal dans la ville de Fuyuki. À la suite de trois guerres sans vainqueurs, la quatrième guerre débute enfin… Cette guerre se fait affronter par les familles Einzbern, Matō, et Tōsaka depuis des siècles. Bien que Kiritsugu qui est au côté de Saber, ait longtemps désiré être un héros aux yeux de tous, il a définitivement abandonné le Saint Graal lorsqu'il a réalisé que ceci entraînait forcément la mort d'une autre vie. Pour le bien de l'humanité, il sera prêt à détruire quiconque se mettra en travers de la paix.

Dans un futur lointain, l'Alliance Galactique Humaine continue de lutter pour sa survie contre une espèce extraterrestre appelés « Hidiaazu ». Au cours d'une bataille intense, le jeune Redo est englouti avec son armure mobile Chamber dans une distorsion temporelle. Réveiller de son hibernation artificiellement provoquée, celui-ci se rend compte qu'il est arrivé sur la Terre, berceau de l'humanité censé ne plus être habitable depuis des milliers d'années. Pourtant, sur cette planète qui a été complètement submergé par les eaux, des gens vivent dans des flottes géantes en récupérant des reliques provenant des profondeurs des mers afin de survivre. Remorqué sur une des flottes appelée Gargantia, il fait la connaissance d' Amy, une jeune fille de 15 ans qui sert de messager tout en lui apprenant les coutumes de sa région.

Le lien manquant de l’annulateur. Une errance infinie à travers d'innombrables lignes d’univers. Au cours de ce rude voyage, Okade a finalement abandonné l’idée de sauver Kurisu de son destin funeste. Ainsi, il revient sur les bancs de l’université et s’enlise dans un quotidien banal. Cependant, Okabe qui se rend régulièrement dans une clinique psychiatrique sans pouvoir panser la blessure qui déchire son cœur, rejette peu à peu son alter égo de savant fou autoproclamé.

Le lien manquant de l’annulateur. Une errance infinie à travers d'innombrables lignes d’univers. Au cours de ce rude voyage, Okade a finalement abandonné l’idée de sauver Kurisu de son destin funeste. Ainsi, il revient sur les bancs de l’université et s’enlise dans un quotidien banal. Cependant, Okabe qui se rend régulièrement dans une clinique psychiatrique sans pouvoir panser la blessure qui déchire son cœur, rejette peu à peu son alter égo de savant fou autoproclamé.

L'histoire se déroule à Tokyo, dans un monde inondé de bulles ayant modifié les lois de la gravité. Coupée du reste du monde, Tokyo est devenue le terrain de jeu d'un groupe de jeunes adeptes de parkour privés de leurs familles, dont les équipes s'affrontent d'immeuble en immeuble. Un jour, après une figure périlleuse, Hibiki, jeune prodige connu pour son style de jeu risqué, est propulsé vers l'océan dénué de gravité qui entoure la ville. Il est sauvé par l'intervention soudaine d'Uta, jeune fille aux pouvoirs mystérieux. Tous deux vont alors entendre un son qu'eux seuls peuvent percevoir. Pourquoi Uta a-t-elle ainsi rejoint Hibiki ? Leur rencontre les mènera à une révélation qui va changer le monde.

Trois amis d'enfance ont grandi sur une île artificielle : le 24e arrondissement. Après qu'un incident a bouleversé leur quotidien, les trois jeunes reçoivent l'appel d'un ami qu'ils croyaient mort. Celui-ci leur demande de « choisir le futur ». Ils vont donc tenter, chacun à leur manière, de dévier leur ville de son destin funeste. Néanmoins, dans l'ombre, une conspiration menace le 24e arrondissement…

Sha Wu Sheng, l'assassin connu sous le nom de Screaming Phoenix Killer, portait une inimitié mortelle contre l'Enigmatic Gale, un maître voleur. Mais ces deux hommes n'étaient pas toujours en désaccord - en fait, Wu Sheng était autrefois employé par Enigmatic Gale, et il considérait même son employeur comme un sauveur potentiel. Il a fallu un tournoi malheureux pour détruire le lien entre eux, dont les circonstances seront enfin révélées dans ce spécial Thunderbolt Fantasy ! Après cela, l'histoire se tourne vers Shang Bu Huan, révélant où son chemin l'a mené à la suite de son voyage à Demon Spine Mountain.