Joe Higan est un Nukenin, un ancien ninja qui a fui les extrêmes violences de son clan et se cache désormais avec sa famille dans la campagne américaine. Mais disparaître aux yeux d’une organisation aussi dangereuse n’a rien d’un jeu d’enfant.Un soir, un groupe d’assassins envoyé par le clan s’attaque à mort à Joe et ses proches pour avoir trahi leur ancien code d’honneur.Laissé pour mort, l’ancien ninja déserteur se relève finalement de ses blessures et décide de reprendre son ancien nom « Ninja Kamui », pour venger les siens en affrontant une bonne fois pour toutes ceux qui étaient autrefois ses frères d’armes.Assassins surentraînés, cyborgs de combat, ninjas rivaux : pour mettre à bien sa vendetta, il devra tous les éliminer.

On suit un lycéen et ses amis qui prennent part à un tournoi épique dans lequel le gagnant verra tous ses vœux s'exaucer. Cependant, les participants découvrent très vite qu'une mystérieuse organisation semble manipuler cette compétition dans l'ombre...

Après avoir été témoin du meurtre de son père dans le dojo familial, Ryo Hazuki consacre sa vie à trouver le responsable ; une mission qui l'entraîne des rues de Yokosuka, au Japon, à la métropole tentaculaire de Hong Kong, et bien plus loin encore. Tandis qu'il poursuit sa quête de vengeance en cherchant à devenir un maître ultime des arts martiaux, il apprendra que sont en jeu des forces mystiques bien plus importantes…